SpinMania

Entretien sur la visualisation (à Creatis)

Avec Benoît Regrain

A l'écoute de notre sujet (écrire le logiciel qui fait génère une représentation 3D à partir de coupes), il commence par nous dire que beaucoup de choses existent déjà. Nous n'aurons donc pas trop de difficultés au niveau de la faisabilité.

Selon lui, le projet envisagé (écrire le logiciel en partant de rien) est réalisable dans le temps imparti.

Il lui serait par ailleurs possible de nous procurer des coupes IRM de main par exemple.

Le passage de la coupe à la représentation 3D peut se faire avec deux techniques :

• le Voxel
• le Marching Cube

Il peut aussi nous fournir une librairie publique de lecture des fichiers "Daicom" (format médical utilisé pour le stockage des IRM).

Au niveau de la visualisation au labo, l'accent est mis sur la portabilité : utilisation de python, de vtk (Visualisation ToolKit, une lib de visualisation relativement polyvalente avec des bindings python) et de wx (pour l'interface graphique).

Lui développe sur la librairie qui fait exactement ce qu'on ferait dans notre projet. Il développe aussi des applications médicales. Il nous dit encore qu'il connait des gens succeptibles de nous proposer des sujets.

Avis perso

[jean] Ce qui est clair, c'est qu'on aurait là un projet très IF. Ca a ses aspects positifs : on apprendrait à programmer une interface graphique avec des menus, des boutons, des fenêtres, à afficher des fichiers graphiques sur l'écran, à utiliser la bibliothèque OpenGL pour la 3D, et à gérer un programme relativement important.

Mais à mon avis, c'est dommage de passer 6 mois sur un projet dont la finalité est de réécrire en moins bien ce que lui a déjà développé. D'autre part, l'IF, on en a déjà pas mal par ailleurs, d'où l'idée de décentrer un peu le projet du point "IF".

Par rapport à ça, la simulation IRM qui nous permettrait d'en apprendre pas mal sur la technique d'imagerie elle-même, ainsi que sur ses fondamentaux physiques. On ferait aussi de l'IF, mais le programme de simulation du spin sera certainement moins gros que celui de visu donc plus vite écrit et moins pénible à développer.

A première vue, les bases physiques de l'IRM ne sont pas si inabordables. J'ai commencé à lire le livre (en comprennant ce que je lisais, si si, je vous jure ;-) conseillé par les responsables de la simulation. Ca s'adresse à des médecins, pas à des ingénieurs ni à des physiciens donc les fondamentaux physiques sont exposés dans les deux chapitres, le livre est bien illustré, il est court (100 pages en tout, 80 sans les annexes et l'intro), et j'estime pouvoir le finir en moins de 8h si besoin est, soit un temps de lecture total de 10h.

Après, niveau goût et couleurs, je ne cacherais pas que de coder en C au kilomètre, de lire la référence des différentes librairies qu'on serait ammenés à utiliser et de faire la chasse aux bugs sur un programme conséquent comme celui qu'on écrirait à travers le projet visu, et tout ça en plus des cours d'IF, j'ai peur de faire une indigestion. Oui, je sais, ça n'est pas un argument :-)
Pour garder le plaisir de faire tourner la représentation 3D et satisfaire tout le monde, on pourrait se lancer dans un projet IRM en 3 volets, décomposé de la façon suivante :

1. Acquisition de l'image (où on placerait le simulateur qu'on écrirait) sous forme de coupes
2. Utilisation (avec compris son fonctionnement éventuellement) du logiciel de Benoît Regrain pour obtenir la représentation 3D, ou bien si il nous reste de temps ou de motivation, réécrire ou analyser une partie plus ou moins conséquente du logiciel
3. Illustration par une pathologie simple

Comme c'est présenté ici, ça donnerait une répartition en 50% / 35% / 15% pour les parties respectives, tout en sachant que les bornes sont flottantes, on peut toutes les déplacer dans un sens come dans l'autre.

Bon, c'est sympa d'avoir lu jusqu'ici !
J'avais envie de mettre mon avis par écrit histoire que tout soit dit avant de prendre une décision, tout en sachant que les deux projets sont intéressants. En espérant avoir apporté un peu d'eau au moulin pour le week-end histoire qu'on puisse se décider pour le sujet de projet : visu, simulation, mix (avec quelles proportions), carrément autre chose ;-).