Travaux

Rapports divers, compte-rendus, présentations et notes en rapport avec les sciences dures et les sciences humaines.

• 2087
  Une nouvelle écrite pour la journée éthique 2004 du département Biosciences à l'INSA Lyon, et publiée dans un recueil distribué aux personnes présentes à la journée. Le thème imposé était l'utopie.
• Conférence de Leonardo Padura
  Un compte-rendu fait à partir de notes prises lors d'une conférences donnée par l'écrivain cubain Leonardo Padura à l'occasion de la sortie de son dernier romain, La Novela de mí vida. Merci à Patricia Alamo Vargas pour la relecture et les corrections.
• Des fossiles autour des origines
  D'après la conférence de Pascal Picq, paléo-anthropologue et professeur au Collège de France, tenue à Villeurbanne le jeudi 5 février.
• EEG and arm movement
  My internship report, summerizing the work done during my 6-month stay at the Swartz Center for Computational Neuroscience (University of California, San Diego). This report summarizes preliminary results from a pilot experiment to study the interaction of proprioceptive and visual input in achieving precise arm movements. The goal of the present work is to prepare future experiments with Parkinson's disease patients that will help to better understand the role of basal ganglia in visual and proprioceptive input interaction. We analyze EEG recording of a healthy subject performing a reaching experiment with no visual input. We first investigate what kind of biases lead the subject to miss the target. Using Independent Component Analysis (ICA), time-frequency analysis and time-series warping, we identify preliminary movement-related dynamics. A potential inversion preceeding movement was uncovered, and so were components with a different spectral behavior with respect to the target location and the original arm position.
• Faire face à la mort
  Quelques notes prises pendant la conférence « Faire face à la mort » organisée par le club des chrétiens de l'INSA à laquelle était conviée Eric Kiledjan, chef de service en gérontologie à l'hôpital de Vienne.
• Faut-il des brevets sur les logiciels ?
  Un article co-écrit avec Julien Roux pour être publié dans l'Insatiable, journal étudiant de l'INSA Lyon. L'article a été refusé pour une raison inconnue, mais on peut suspecter sa longueur.
• Improving entropy estimation and inferring genetic regulatory networks
  This paper explores how entropy and other information theoretic quantities may be used to reverseengineer genetic regulatory networks from repeated microarray data. The problem of differentiating genes that undergo direct coregulation from genes whose expression is similar because they belong to the same regulatory pathway is studied from a graphical modeling viewpoint. This leads to the criteria of conditional independence which can be evaluated by computing the conditional mutual information. The latter is completely characterized by the sum of the entropies of joint variables, underlining the need for an entropy estimator that is accurate even in low sampling conditions. We introduce a new plug-in entropy estimator obtained from shrinking maximum likelihood multinomial proportions estimates to the maximum entropy target. We derive the closely related ZIPshrink and ZINBshrink entropy estimators which enhance the shrinkage estimator by first adjusting the shrinkage target depending on the fraction of structural zeros in the multinomial model. The fraction of structural zeros is estimated using a Zero-Inflated Poisson or Zero-Inflated Negative Binomial distribution to model the histogram of bin counts. We compare these three new estimators to state of the art estimators. We show that they give acceptable estimates even in the low sampling regime and are as accurate as the best estimator available today while being 100 faster, making it more suitable for large scale computations. We then compare existing approximations of conditional independence networks such as 0-1 networks and a data processing inequality based approach. As a conclusion, we briefly consider limitations of the method as well as issues related to unobserved variables, causal inference and time series as opposed to steady state experiments. Part I serves both as an introduction and a motivation. It presents the notions of conditional independence and explains why entropy estimation is critical to genetic regulatory network inference. Part II has the core results of this report : it reviews existing entropy estimators for the discrete case, introduces a new entropy estimator based on the statistical notion of shrinkage and compares their performance. Finally, part III compares data processing inequality based approach to genetic regulatory networks reverse-engineering with the so-called 0-1 networks approach. It also has considerations about limitations, pitfalls and possible extensions of the method.
• L'Utopie de Fahrenheit 451
  Une lecture de Fahrenheit 451 dans l'optique d'en présenter l'utopie. Fait pour le cours d'histoire des idées de 3BiM.
• Le bonheur est-il une idée neuve ?
  Notes prises au cours de la conférence de Michel Faucheux du 25 novembre 2003.
• Lettre sur les brevets
  Voici la lettre que nous avons envoyé trois aux 44 députés européens français ni Socialistes, ni Verts, en vue d'éviter le vote d'amendements permettant de breveter n'importe quel procédé impliquant l'utilisation d'un ordinateur (style Amazon One Click Shopping).
• Mécanismes de la croyance
  Mon rapport de PPH (Projet Personnel en Humanités) réalisé dans le cadre du cursus INSA Lyon. Largement appuyé sur la sociologie de Durkheim, c'est une tentative de mettre en évidence la valeur sociale du phénomène de croyance. Puis, on s'attache à montrer que la croyance est un objet de science et de savoir (sociologique, anthropologique) et qu'elle est elle-même constitutive du savoir et de la science. Enfin, on y montre que la croyance est ainsi une pratique médiatrice de nos savoirs et de notre rapport à la vérité.
• Persistante Utopie
  Quelques notes prises de la conférence de Miguel Abensour à l'INSA de Lyon le 12 janvier 2004.
• Pye chez les Picaros
  Site conçu pour un ami à l'occasion d'un année d'échange universitaire au Mexique.
• Rapport de stage à l'OHP
  Le rapport rendu suite à un stage à l'Observatoire de Haute-Provence, en août 2001.
• Site web ISF Lyon
  Le site web d'Ingénieurs Sans Frontières Lyon, fait avec Olivier Riuné à partir de epsy et du code de calendrier d'Olivier.
• Une Vie sous la lune
  Une nouvelle écrite dans le cadre d'un atelier d'écriture. L'exercice consistait à se voir imposer un début et une fin et à écrire quelque chose en fonction de cela.